Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3344954	3345444	491	58 [0]	[0] 10	rpoN	RNA polymerase, sigma 54 (sigma N) factor

CGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAGG  >  W3110S.gb/3344892‑3344953                                                              | cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGGTTACCTGATGTGGCAgg  <  1:1158041/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:676228/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:366387/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:385859/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:390482/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:429115/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:452733/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:453527/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:458428/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:460695/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:524391/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:53787/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:630852/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:650450/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:651081/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:1057798/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:677496/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:722648/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:726006/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:762208/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:794816/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:803717/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:84582/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:880501/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:89693/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:902242/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:962411/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:1513748/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:1019275/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:1099167/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:1104304/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:1109637/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:1207446/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:1236939/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:1313775/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:1434238/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:1442942/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:1451240/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:1496234/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:1514245/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:1528405/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:268114/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:16675/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:167819/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:174552/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:185893/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:256919/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:194465/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:1517907/62‑1 (MQ=255) cgaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:248804/62‑1 (MQ=255)  gaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:233955/61‑1 (MQ=255)  gaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:842790/61‑1 (MQ=255)  gaGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:279353/61‑1 (MQ=255)     cTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:1415680/58‑1 (MQ=255)        ccGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:928273/55‑1 (MQ=255)             cTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:339131/50‑1 (MQ=255)                        aaaCGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:336263/39‑1 (MQ=255)                          acgacgCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAgg  <  1:923106/37‑1 (MQ=255)                                                              | CGAGCTGCCGGTCTACCAGGGCGAAACGACGCAGACCTTGCAGGATTACCTGATGTGGCAGG  >  W3110S.gb/3344892‑3344953

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑