Missing coverage evidence...
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CAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGGTG  >  W3110S.gb/3378215‑3378276                                                              | cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:527008/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:102068/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:217058/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:224492/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:258029/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:354042/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:386213/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:468368/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:481126/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:511752/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:209/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:717778/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:723432/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:802207/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:805499/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:827574/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:858754/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:957353/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:98779/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:993754/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1380729/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1063168/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1068676/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1093712/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1122717/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1134246/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1178619/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1253631/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1271660/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1337210/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1687/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1446313/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1453659/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1468623/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1534903/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1602967/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1632172/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1644520/62‑1 (MQ=255) cAGGACGGCGAGAAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:106748/62‑1 (MQ=255)  aGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:478496/61‑1 (MQ=255)  aGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:451984/61‑1 (MQ=255)  aGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGGCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGgtg  <  1:1435384/61‑1 (MQ=255)                                                              | CAGGACGGCGAGCAATCATCTCTTCAAAGGTCGCTTGTTTGATACCACCGATGTGGCCGGTG  >  W3110S.gb/3378215‑3378276

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑