Missing coverage evidence...
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CACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTT  >  W3110S.gb/3423215‑3423276                                                              | cACCGTCAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:762393/62‑1 (MQ=255) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:726828/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:293387/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:399708/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:453329/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:48744/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:517198/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:560275/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:599617/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:623944/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:642043/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:29133/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:740752/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:740935/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:770106/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:784122/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:791318/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:925941/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:993461/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:1649391/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:1115236/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:1126723/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:1167611/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:1207351/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:1276841/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:1308974/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:132624/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:1372109/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:141874/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:1464442/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:1494446/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:1498036/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:152022/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:1563674/62‑1 (MQ=40) cACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:1098113/62‑1 (MQ=40)     gACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:1258510/58‑1 (MQ=255)              caGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:1313820/49‑1 (MQ=255)                      aCAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAttt  <  1:1358219/41‑1 (MQ=255)                                                              | CACCGACAAACAACAGATAAAACAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTT  >  W3110S.gb/3423215‑3423276

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑