Missing coverage evidence...
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TTGCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTG  >  W3110S.gb/3542054‑3542113                                                            | ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:30663/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:98475/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:898906/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:871380/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:831818/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:801135/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:776075/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:728860/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:725765/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:699058/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:653928/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:648090/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:531957/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:445935/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:379246/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:322619/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:1019009/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:302409/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:271506/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:246303/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:1474661/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:1388939/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:1244719/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:1219888/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:1143769/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:1121312/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:1115868/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:1095093/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:1042237/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:1034206/1‑60 (MQ=35) ttgCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTg  >  1:102241/1‑60 (MQ=35)                                                            | TTGCCGGATGCGGCACAAGTGCCTTATCCGGCCTACAGGTCGGCAATAGTTGTAGGCCTG  >  W3110S.gb/3542054‑3542113

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑