Missing coverage evidence...
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GTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGCC  >  W3110S.gb/3554576‑3554622                                               | gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:742106/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:509464/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:52639/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:650290/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:659880/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:660750/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:661522/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:681214/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:702615/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:719933/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:452570/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:760888/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:784575/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:862833/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:898068/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:905207/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:907107/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:919607/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:94924/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:971119/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:158844/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:1137173/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:1232618/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:1277169/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:130795/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:1412072/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:1416598/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:1444039/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:1555789/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:1577378/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:113367/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:1611222/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:173298/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:179470/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:20270/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:205814/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:209496/47‑1 (MQ=255) gTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:257394/47‑1 (MQ=255) gTCCGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGcc  <  1:1614425/47‑1 (MQ=255)                                               | GTCGGTGGTACACACGTCATGTACGTGCTGCACCATGCTGACAAGCC  >  W3110S.gb/3554576‑3554622

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑