Missing coverage evidence...
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CACATACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAG  >  W3110S.gb/4021653‑4021712                                                            | cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTTCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:1644513/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:85293/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:399081/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:421180/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:453019/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:455747/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:499511/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:541475/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:543230/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:864032/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:582430/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:371083/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:632378/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:635667/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:641318/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:691171/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:727690/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:742766/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:756396/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:769168/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:784460/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:820779/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:1572280/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:1033921/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:1094342/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:11425/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:1148110/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:1181681/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:1201004/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:1223407/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:1452512/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:1473828/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:1495639/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:1516504/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:348351/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:1573548/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:158296/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:1630149/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:1638381/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:1640338/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:255404/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:276543/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:321975/60‑1 (MQ=255) cacaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGCGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:678665/60‑1 (MQ=255)  acaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:482290/59‑1 (MQ=255)  acaTACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:380739/59‑1 (MQ=255)           aGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:873113/50‑1 (MQ=255)           aGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:566782/50‑1 (MQ=255)              aCCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:598967/47‑1 (MQ=255)                 gcgAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAg  <  1:1076635/44‑1 (MQ=255)                                                            | CACATACGACAGCACCGCGAAACCTTGCGTGCCGTGCTGCTGGGTGGCCTCTTGCGCCAG  >  W3110S.gb/4021653‑4021712

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑