Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4408242	4408258	17	80 [0]	[0] 143	hflC	modulator for HflB protease specific for phage lambda cII repressor

TATTCAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCT  >  W3110S.gb/4408185‑4408241                                                         | tATTCATACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1003725/57‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGAGCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1146499/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:389399/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:500895/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:49971/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:475270/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:472971/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:450953/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:410690/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:408637/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:39375/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:532221/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:359252/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:352674/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:339789/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:317408/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:316892/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:291086/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:253470/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:22415/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:688785/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:953650/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:934026/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:891635/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:863787/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:835017/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:825565/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:822004/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:809107/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:801604/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:519438/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:681172/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:670668/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:66671/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:630006/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:593384/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:572578/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:544882/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:236429/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1131463/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1329381/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:221250/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1281780/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1255732/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1223018/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1185754/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1174951/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1144495/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1324162/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1130876/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1129302/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1095443/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1079365/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1077949/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1076007/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1051295/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1019013/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1462100/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:211810/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1645303/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1590354/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1571391/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1558899/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1556881/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1547084/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1506965/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1339073/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1444782/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1432522/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1429288/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1422995/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1403543/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1372735/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATGAACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1211010/53‑1 (MQ=255)     cAGACCATCGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:661183/53‑1 (MQ=255)       gACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:111150/51‑1 (MQ=255)       gACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:843112/51‑1 (MQ=255)              gACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:1058551/44‑1 (MQ=255)                  aCCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:477662/40‑1 (MQ=255)                      ggCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCt  <  1:48140/36‑1 (MQ=255)                                                         | TATTCAGACCATGGACAACCAGGCCGACCGCTTTGTGACCAAAGAGAAGAAAGACCT  >  W3110S.gb/4408185‑4408241

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑