Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4544996	4545238	243	45 [0]	[0] 26	yjhA/fimB	N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA

GTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGT  >  W3110S.gb/4544936‑4544995                                                            | gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:577746/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1060538/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:206640/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:227783/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:23785/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:307754/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:340060/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:484277/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:521301/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:539509/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:571672/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1605295/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:579120/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:636447/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:639608/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:713581/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:7399/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:790413/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:87661/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:90651/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:910281/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:928126/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1385276/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1072065/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1125075/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1147519/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1154629/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1178132/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1220163/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1226513/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1273493/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1316565/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1368163/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1387735/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:139514/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1429843/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1490090/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1500171/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1555492/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1558383/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTAACTTAgtttgt  <  1:182338/60‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATG‑TGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1578349/59‑1 (MQ=255) gTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATG‑TGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1576406/59‑1 (MQ=255)  tCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:246061/59‑1 (MQ=255)                     tgATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgtttgt  <  1:1181317/40‑1 (MQ=255)                                                            | GTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGT  >  W3110S.gb/4544936‑4544995

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑