Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4549808	4549816	9	38 [0]	[0] 18	fimD	outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis

TGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAG  >  W3110S.gb/4549746‑4549807                                                              | tgactgacGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:1064208/62‑1 (MQ=255) taaCTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:1403612/60‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:405750/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:998706/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:423273/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:430701/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:547761/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:584920/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:630693/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:71222/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:739171/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:80290/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:833459/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:839635/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:851297/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:867017/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:888866/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:925840/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:930587/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:1035026/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:308888/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:1128699/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:1131379/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:1215309/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:1301445/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:1319788/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:150334/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:1592051/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:1600055/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:1611426/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:200401/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:221295/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:25047/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:2551/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:293114/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:300674/62‑1 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:358274/62‑1 (MQ=255)                           ggaATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg  <  1:816191/36‑1 (MQ=255)                                                              | TGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAG  >  W3110S.gb/4549746‑4549807

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑