Missing coverage evidence...
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ATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGT  >  W3110S.gb/147883‑147937                                                       | aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCCTCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:219375/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCGGCCGTAGCGCCAGt  <  1:515656/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:532799/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:273111/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:286120/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:302338/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:316617/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:326579/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:337879/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:499585/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:1124451/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:536139/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:571460/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:646127/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:689408/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:717237/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:720314/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:918110/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:947570/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:993186/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:1389522/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:1059597/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:1152209/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:1170280/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:1175086/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:1244208/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:1271121/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:1305071/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:131065/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:1518778/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:1621299/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:1623639/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:176560/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:200059/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:226863/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:232558/55‑1 (MQ=255) aTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:268660/55‑1 (MQ=255)  tGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:743652/54‑1 (MQ=255)                gggTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGt  <  1:269621/40‑1 (MQ=255)                                                       | ATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGT  >  W3110S.gb/147883‑147937

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑