Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	248413	248470	58	22 [0]	[0] 49	fhiA	ECK0230:JW5811:b0229; flagellar system protein, promoterless fragment

ATCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAC  >  W3110S.gb/248377‑248412                                    | aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:513193/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:90141/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:836420/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:830186/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:775562/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:699190/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:691339/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:678430/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:661738/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:603655/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:544722/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:1223456/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:511275/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:427814/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:355620/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:237481/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:1489591/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:1430128/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:1365200/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:1347688/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:1260311/36‑1 (MQ=255) aTCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAc  <  1:125247/36‑1 (MQ=255)                                    | ATCTTCAACTCCAGCTCATCCGGCACTTCGTTATAC  >  W3110S.gb/248377‑248412

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑