Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	531131	531696	566	85 [0]	[0] 10	[ybbS]–[allA]	[ybbS],[allA]

ATGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTG  >  W3110S.gb/531069‑531130                                                              | aTGTGAAACTGGGTAATGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:690398/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:364397/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:569864/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:566026/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:547953/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:508791/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:444049/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:426708/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:405352/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:393505/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:376807/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:573879/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:359012/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:354665/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:347441/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:33917/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:335653/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:319083/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:299511/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1024668/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:23706/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:761740/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:970750/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:96701/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:937606/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:887180/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:866453/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:865964/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:851245/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:834815/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:777446/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:251747/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:745457/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:720019/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:680455/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:64405/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:642333/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:634342/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:602181/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:595943/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1161093/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1328450/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1286525/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:214409/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1269710/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1267476/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:124701/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1244794/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1202282/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1180389/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1275511/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1133297/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1110921/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1101131/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1096078/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1083788/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1080072/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1073981/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1053838/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1039045/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1535405/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:192077/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1624954/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1619066/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:15879/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1572419/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1555985/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1536265/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1355825/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1437980/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1432003/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1418449/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1415100/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:13864/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1384157/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1374542/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1363344/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCAATCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1371554/62‑1 (MQ=255) aTGTGAAACTAGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:845060/62‑1 (MQ=255)  tgtgAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1264235/61‑1 (MQ=255)  tgtgAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:875177/61‑1 (MQ=255)         cTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:8539/54‑1 (MQ=255)              tAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:934197/49‑1 (MQ=255)                           cTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:1093029/36‑1 (MQ=255)                            tCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTg  <  1:397431/35‑1 (MQ=255)                                                              | ATGTGAAACTGGGTAAAGGGGTAACGCTCATTCAGCCACGCCAGCAACTGGGCGACGGCCTG  >  W3110S.gb/531069‑531130

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑