Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	554945	555071	127	65 [0]	[0] 6	cysS	cysteinyl‑tRNA synthetase

CCGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAG  >  W3110S.gb/554903‑554944                                          | ccGTGCTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1644855/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:613776/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:249152/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:294774/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:30978/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:309932/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:326257/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:333453/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:34959/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:414431/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:466585/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:467250/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:470296/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:483944/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:569340/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:584802/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:159550/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:614581/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:621352/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:709892/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:774282/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:780481/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:791272/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:825616/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:841909/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:856499/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:870775/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:909944/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:929373/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:92999/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:956930/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:985047/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1265252/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1025232/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1028018/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1034146/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1066545/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1075135/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1092175/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1120911/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1128598/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1137553/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1159281/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1173790/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1175755/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1192134/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1224122/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1263209/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1409010/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1588854/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1551447/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1528061/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1522499/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1520436/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:146863/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1022798/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1402596/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1376413/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1361391/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1330675/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:132249/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:132164/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:1273520/42‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCATCTGAAAg  <  1:895743/42‑1 (MQ=255)  cGTACTGTTTGATATGGCGCTTGAAGTAAACCGTCTGAAAg  <  1:144279/41‑1 (MQ=255)                                          | CCGTACTGTTTGATATGGCGCGTGAAGTAAACCGTCTGAAAG  >  W3110S.gb/554903‑554944

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑