Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	953742	954419	678	44 [0]	[0] 17	[pflB]–[focA]	[pflB],[focA]

ACCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAG  >  W3110S.gb/953680‑953741                                                              | aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGGCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:1212763/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:629296/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:297883/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:353797/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:415267/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:416200/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:458931/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:46946/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:529512/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:539760/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:582253/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:600754/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:260397/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:636531/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:648660/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:659815/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:698231/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:73123/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:78160/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:799322/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:855799/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:886045/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:1339214/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:1013615/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:1057537/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:1064490/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:1089850/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:1208818/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:1217698/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:1218302/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:923543/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:128670/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:1545195/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:1608880/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:163898/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:188914/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:190729/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:193360/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:230722/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:255082/62‑1 (MQ=255) aCCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTCAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:1359758/62‑1 (MQ=255)              tcAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:986437/49‑1 (MQ=255)                 aGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:1047733/46‑1 (MQ=255)                     gctTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAg  <  1:1223704/42‑1 (MQ=255)                                                              | ACCAACGATTTTCTCAAGCTGCTTGTTGATGTAGCCAGCGTCGTGAGAGGTGATGGTGGAAG  >  W3110S.gb/953680‑953741

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑