Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1353163	1353197	35	39 [0]	[0] 12	ycjD	conserved hypothetical protein

CGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATATT  >  W3110S.gb/1353114‑1353162                                                 | ggCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:456871/48‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGTGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:1311324/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:795579/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:423521/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:482071/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:548237/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:581941/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:582804/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:660000/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:694263/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:762298/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:357523/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:801142/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:814214/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:822481/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:827762/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:844641/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:847452/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:883891/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:957001/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:1648365/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:1205351/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:1209619/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:1261478/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:1303571/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:1470026/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:1497395/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:1541376/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:1588707/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:1599041/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:380003/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:1650528/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:1651161/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:190239/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:222995/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:316497/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:319263/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:355438/49‑1 (MQ=255) cGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATAtt  <  1:1165150/49‑1 (MQ=255)                                                 | CGCTCTTTCAGGGAGAGGGTGACCGGCGGTTCAGTTCCTGCAGAATATT  >  W3110S.gb/1353114‑1353162

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑