Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1429252	1429253	2	35 [0]	[0] 6	lomR lomR	ECK1366:JW5884:b1369; Rac prophage region; hypothetical protein, N‑ter fragment ECK1366:JW5884+JW5904:b4570; Rac prophage region; hypothetical protein

GCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGG  >  W3110S.gb/1429191‑1429251                                                             | gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:556916/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:938293/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:837768/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:820741/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:815814/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:804259/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:76519/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:755907/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:749217/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:743508/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:735465/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:66182/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:654680/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:622483/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:602937/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:1108575/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:492422/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:406978/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:257265/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:218851/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:1232114/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:1647936/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:1570624/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:1523658/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:1437721/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:1432973/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:1383792/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:1274429/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:1253780/61‑1 (MQ=255) gCGTGATGGGGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:751492/61‑1 (MQ=255)  cGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:119942/60‑1 (MQ=255)  cGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:875056/60‑1 (MQ=255)  cGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:636039/60‑1 (MQ=255)  cGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCggg  <  1:490618/60‑1 (MQ=255)               ccGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGAggg  <  1:196742/47‑1 (MQ=255)                                                             | GCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGGCGGG  >  W3110S.gb/1429191‑1429251

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑