Missing coverage evidence...
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ATTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAGG  >  W3110S.gb/1858298‑1858359                                                              | aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATATAgg  >  1:1146787/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:502693/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:1539994/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:155700/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:1586164/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:1621238/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:20448/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:298512/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:45149/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:495235/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:1468714/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:592310/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:720534/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:730909/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:759553/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:860884/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:947332/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:996939/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:1252634/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:1032656/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:110477/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:1106635/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:1110882/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:1130973/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:1236853/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:1240618/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:1250306/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:1481444/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:1302528/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:1306240/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:1400800/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:1409159/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:1441097/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:145530/1‑62 (MQ=255) aTTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAgg  >  1:103018/1‑62 (MQ=255)                                                              | ATTACGGTTTGTGACAAACGTCCGCTCGCCATCCTCCGTCACCAGTCCAACGTTAATAGAGG  >  W3110S.gb/1858298‑1858359

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑