Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1976240	1976591	352	79 [0]	[0] 14	cheA	fused chemotactic sensory histidine kinase (soluble) in two‑component regulatory system with CheB and CheY

CATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCG  >  W3110S.gb/1976178‑1976239                                                              | cATGGACTGGGTGATAACGAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:163698/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:370697/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:581021/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:513139/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:494588/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:492209/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:474232/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:455131/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:440257/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:374497/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:372142/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:583873/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:364737/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:358747/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:354876/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:341139/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:329430/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:316881/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:296008/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:279671/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:726177/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:997632/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:977746/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:922221/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:917159/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:916028/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:90677/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:891163/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:798245/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:782501/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:245045/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:714259/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:685409/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:648948/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:615260/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:613902/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:603697/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:603047/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:593022/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1235741/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1007428/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1387717/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1369541/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:136298/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:133639/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1327964/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1307048/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1282849/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1264856/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1447237/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1229240/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1223989/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1217945/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1171627/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1165677/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1165249/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1163223/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1152786/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1093529/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1546395/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:234839/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:228590/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:217832/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1619895/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1616504/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1614343/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1584528/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1578694/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1454433/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1532576/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1530782/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1508390/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1503029/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1500406/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1494790/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:1475857/62‑1 (MQ=255) cATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGAACAACCTTTTCTACCg  <  1:1587632/62‑1 (MQ=255) cATGGAATGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:629615/62‑1 (MQ=255)              aTAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCg  <  1:397387/49‑1 (MQ=255)                                                              | CATGGACTGGGTGATAACCAGCTCGCCGACGAGGTTAATTAATTGATCAACCTTTTCTACCG  >  W3110S.gb/1976178‑1976239

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑