Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2074977	2075345	369	48 [0]	[0] 25	flu	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

GCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAC  >  W3110S.gb/2074915‑2074976                                                              | gctcTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:271859/59‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCGCGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:756347/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACTCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:1530742/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:1132914/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:462330/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:495336/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:558530/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:559883/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:565070/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:588198/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:653382/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:662296/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:702030/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:732088/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:736523/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:74016/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:84426/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:874255/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:898423/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:920716/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:923472/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:954876/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:982847/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:248886/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:1139960/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:1162847/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:1231117/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:1326827/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:1383096/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:1401591/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:1438705/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:168679/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:431381/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:272025/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:27240/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:283874/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:320720/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:363007/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:388553/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:398473/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:429746/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATAAGGCCACGGATAc  <  1:928425/62‑1 (MQ=255) gCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATACACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:654945/62‑1 (MQ=255)  cccTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:1379198/61‑1 (MQ=255)  cccTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:55689/61‑1 (MQ=255)  cccTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCAAGGATAc  <  1:586424/61‑1 (MQ=255)    cTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:119932/59‑1 (MQ=255)      gATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAc  <  1:1221831/57‑1 (MQ=255)                                                              | GCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATAC  >  W3110S.gb/2074915‑2074976

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑