Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2076387	2076404	18	37 [0]	[0] 158	flu	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

GCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAA  >  W3110S.gb/2076333‑2076386                                                      | gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:563295/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:1039179/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:23593/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:382181/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:382982/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:402633/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:4973/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:554488/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:554748/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:191452/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:613633/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:639615/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:671666/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:685338/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:72830/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:787394/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:800727/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:976464/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:1429392/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:1085209/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:114364/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:1148883/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:1167824/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:1247913/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:1273220/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:1285453/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:1352369/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:1398863/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:18065/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:1455810/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:1473321/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:1634980/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:178237/54‑1 (MQ=255) gCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGAAAGGACaa  <  1:475486/54‑1 (MQ=255)  ccACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:1469699/53‑1 (MQ=255)  ccACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:1480111/53‑1 (MQ=255)  ccACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACaa  <  1:222383/53‑1 (MQ=255)                                                      | GCCACAACTGCAGTATACCTGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAA  >  W3110S.gb/2076333‑2076386

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑