Missing coverage evidence...
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CACACAAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTGGAGGA  >  W3110S.gb/2547885‑2547946                                                              | cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:668130/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:240230/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1003296/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:323032/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:332570/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:338938/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:437527/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:43953/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:475528/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:55686/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:630645/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:277478/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:670880/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:687570/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:716964/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:743118/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:773719/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:775453/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:783269/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:873775/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:894603/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:962201/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1372241/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1009225/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1010128/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1058716/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1091200/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1145828/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1154063/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1158748/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1175907/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1290148/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:190210/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1540799/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1554846/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1560875/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1589624/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1599077/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1603127/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1610721/62‑1 (MQ=255) cacacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1646212/62‑1 (MQ=255)  acacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:665482/61‑1 (MQ=255)  acacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:343800/61‑1 (MQ=255)  acacaAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:923208/61‑1 (MQ=255)         cagcagACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:189724/54‑1 (MQ=255)             agACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1031486/50‑1 (MQ=255)                   gTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:952526/44‑1 (MQ=255)                      ccGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTggagga  <  1:1603070/41‑1 (MQ=255)                                                              | CACACAAACAGCAGACTGGTGCCGAGGCTTAAGGTAAAGCCCGGCAGCACGCGTCTGGAGGA  >  W3110S.gb/2547885‑2547946

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑