Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2865567	2865649	83	35 [0]	[0] 142	rpoS	RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor

GCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGA  >  W3110S.gb/2865505‑2865566                                                              | gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTTGTTAAGa  <  1:1098461/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:726010/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:1562062/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:17965/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:310451/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:370765/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:469162/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:52495/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:533398/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:573372/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:1556053/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:749616/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:772050/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:791286/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:799491/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:824867/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:877239/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:918118/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:1036959/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:1526571/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:1471806/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:1441141/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:1347847/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:1254712/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:1008631/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:1135263/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:1088907/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:104225/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:1063041/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:1055719/62‑1 (MQ=255) gCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCGCGTTAAGa  <  1:1442987/62‑1 (MQ=255)  cAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:1138590/61‑1 (MQ=255)   aaCGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:1063172/60‑1 (MQ=255)             cGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:826882/50‑1 (MQ=255)                    accaccCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGa  <  1:1538966/43‑1 (MQ=255)                                                              | GCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGA  >  W3110S.gb/2865505‑2865566

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑