Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2865824	2865929	106	42 [0]	[0] 47	rpoS	RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor

CACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACCGCGCG  >  W3110S.gb/2865762‑2865823                                                              | caccaGGTTGGGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:128951/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:577440/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:329110/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:337079/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:382757/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:395205/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:470849/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:496455/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:532421/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:535766/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:536567/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:539137/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:247477/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:577633/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:625332/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:700241/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:789952/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:803663/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:878734/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:944952/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:958285/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:962310/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1386738/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1063896/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1083494/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1096872/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1226520/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1279581/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1308758/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1322433/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1342282/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1365003/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1035915/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1447807/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1453772/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1465059/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1478160/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1479933/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1559958/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1574586/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:198837/1‑62 (MQ=255) caccaGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACAACGTTCCGGCTCAAACTTCTCTACcgcgcg  >  1:1555814/1‑62 (MQ=255)                                                              | CACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACCGCGCG  >  W3110S.gb/2865762‑2865823

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑