Missing coverage evidence...
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GGATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAGG  >  W3110S.gb/3159049‑3159109                                                             | ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCTCTCCAGCCAgg  <  1:765488/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:31060/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:984872/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:947538/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:938514/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:914035/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:858668/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:744944/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:691603/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:646250/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:572324/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:485320/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:452281/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:434572/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:420800/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:34096/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:1006885/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:1564895/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:1555742/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:1532111/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:1528678/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:1494353/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:1424655/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:1411392/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:1277848/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:1276271/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:1258653/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:1080357/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGACAgg  <  1:1176436/61‑1 (MQ=255) ggATTGGGGCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:1608922/61‑1 (MQ=255)  gATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:1409900/60‑1 (MQ=255)   aTTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAgg  <  1:1132207/59‑1 (MQ=255)                                                             | GGATTGGGTCGATTTTTCCAGGGGTATCAAGACGGGTGGAATCCACGCCGCTCCAGCCAGG  >  W3110S.gb/3159049‑3159109

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑