Missing coverage evidence...
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AACAAAGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAC  >  W3110S.gb/3179013‑3179074                                                              | aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:1086835/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:985483/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:955543/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:911170/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:901721/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:830575/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:79106/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:787554/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:656495/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:62040/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:432562/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:346661/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:229059/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:183735/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:172262/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:159034/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:1298757/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:1035267/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:1090051/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:1129437/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:1200192/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:123002/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:1249240/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:129031/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:1292037/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:1388516/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:1452316/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:146434/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:1498755/62‑1 (MQ=255) aacaaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:1521509/62‑1 (MQ=255)    aaaGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:1540983/59‑1 (MQ=255)         aCTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:1440153/54‑1 (MQ=255)                        gCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAc  <  1:510149/39‑1 (MQ=255)                                                              | AACAAAGCACTATGCAGCGTAGTGCAACCGGTACCTCTTCTCGTTCAATGGGTGGCTGATAC  >  W3110S.gb/3179013‑3179074

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑