Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3211704	3212472	769	74 [1]	[0] 22	rpoD	RNA polymerase, sigma 70 (sigma D) factor

GAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTAT  >  W3110S.gb/3211643‑3211704                                                             |  gAAGGCCATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:807338/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAATACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:277832/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:313100/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:542496/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:520780/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:516898/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:499361/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:48311/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:424928/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:384364/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:38272/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:35399/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:624178/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:306294/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:293104/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:285850/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:283011/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:277214/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1006668/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:761337/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:999080/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:977632/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:957375/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:90663/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:851078/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:848332/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:80008/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:784622/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:543228/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:740/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:736717/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:723119/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:71755/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:69443/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:66462/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:648826/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:258276/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:115975/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1341530/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1332648/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1279056/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1255198/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1254506/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1252183/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:120621/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1160877/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:116043/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1342131/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1138783/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:113130/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1122249/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1109097/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1073316/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1072018/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1070993/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1016296/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1511736/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:166895/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1612394/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1576308/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1571118/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1561287/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1550472/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1528402/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:16945/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1502741/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1494277/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1482813/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1476429/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1460505/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1426262/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1412708/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTa   >  1:1350531/1‑61 (MQ=255) gAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTAt  >  1:338019/1‑62 (MQ=255)                                                             |  GAAGGACATCGGGTCAATCGCCCAACACCAACCTCATGAAATAAGTGTGGATACCGTCTTAT  >  W3110S.gb/3211643‑3211704

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑