Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3961448	3961552	105	89 [0]	[0] 31	yhjH	EAL domain containing protein involved in flagellar function

CCCTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTCCCT  >  W3110S.gb/3961553‑3961614 |                                                              cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:194740/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:701826/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:674892/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:445728/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:869629/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:329693/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:913107/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:299320/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:285632/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:211354/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:192762/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:163404/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:981832/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:1553344/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:1551283/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:1508642/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:1468580/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:1440739/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:982970/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTccc   >  1:984765/1‑61 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTCCCt  >  1:300956/1‑62 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTCCCt  >  1:902593/1‑62 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTCCCt  >  1:726906/1‑62 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTCCCt  >  1:69320/1‑62 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTCCCt  >  1:592956/1‑62 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTCCCt  >  1:37960/1‑62 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTCCCt  >  1:354651/1‑62 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTCCCt  >  1:1057567/1‑62 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTCCCt  >  1:1589733/1‑62 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTCCCt  >  1:1285311/1‑62 (MQ=255) cccTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTCCCt  >  1:1067514/1‑62 (MQ=255) |                                                              CCCTACGCTCATCGCCCTGCGTCAGCAACCAAAAATCCTGCGCCAGATTGAGCGTCTTCCCT  >  W3110S.gb/3961553‑3961614

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑