Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4409112	4409187	76	36 [0]	[0] 30	yjeT	conserved inner membrane protein

ATTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGA  >  W3110S.gb/4409188‑4409248 |                                                             atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:171849/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:989181/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:899951/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:860516/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:820457/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:75063/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:714010/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:552639/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:540652/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:504405/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:501184/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:434021/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:39172/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:212235/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:204333/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:1002224/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:1635645/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:161909/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:156140/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:1547441/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:1530488/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:139475/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:1391504/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:1319890/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:1309363/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:1189428/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:1164619/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:1117236/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:1103654/61‑1 (MQ=255) atTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGa  <  1:1059514/61‑1 (MQ=255) |                                                             ATTTTACGTCGTTTTGGCGGTGGACTTGTGGTTGCGGGCGTTGTGGTCTACTACATGTTGA  >  W3110S.gb/4409188‑4409248

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑