Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4441379	4441596	218	55 [0]	[0] 29	[cysQ]	[cysQ]

CGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAG  >  W3110S.gb/4441597‑4441658 |                                                              cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTccc                    >  1:1139578/1‑44 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCa   >  1:1547608/1‑61 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:969145/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:1026227/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:871885/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:871828/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:813192/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:800296/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:716802/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:699285/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:679479/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:662127/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:59472/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:588945/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:57192/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:55285/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:543104/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:294409/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:165123/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:1573953/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:1506269/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:1398673/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:1371899/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:1348225/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:1334471/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:1294343/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:1197545/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:1169089/1‑62 (MQ=255) cgCTGACACCGGATGTTCCGGTACTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAg  >  1:234396/1‑62 (MQ=255) |                                                              CGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAG  >  W3110S.gb/4441597‑4441658

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑