Missing coverage evidence...
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TTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGG  >  W3110S.gb/4547948‑4547992 |                                             ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:545944/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:1016427/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:220531/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:304352/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:343636/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:353263/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:368913/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:425310/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:490635/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:1539707/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:682567/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:716348/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:805242/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:822903/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:838267/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:843404/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:87308/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:995250/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:1177928/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:1027988/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:1045976/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:106332/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:1097956/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:110168/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:1117514/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:1128287/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:1161821/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:1420911/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:1257338/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:1273802/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:1314982/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:132098/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:1354417/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:1407766/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTgg  <  1:1417608/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTACGTACCGCATCGCTgg  <  1:566353/45‑1 (MQ=255) ttGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTACGTACCGCATCGCTgg  <  1:267482/45‑1 (MQ=255) |                                             TTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGG  >  W3110S.gb/4547948‑4547992

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑