Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	110507	111012	506	9 [0]	[0] 46	[secA]	[secA]

GATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGC  >  W3110S.gb/111013‑111056 |                                            gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:645540/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:300940/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:356374/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:393791/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:406273/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:421198/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:424750/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:460625/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:505649/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:52044/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:559567/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:614421/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:297836/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:649033/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:697064/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:754579/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:797440/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:81994/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:874536/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:948196/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:973669/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:993906/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:996205/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:1428531/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:1097753/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:1104819/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:1111484/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:1123475/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:1145952/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:1163787/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:1212399/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:1255671/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:1294392/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:1331992/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:1427000/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:1091144/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:1506492/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:1510214/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:1570626/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:217440/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:262432/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:263461/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:264643/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:265161/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:278391/44‑1 (MQ=255) gATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGc  <  1:292120/44‑1 (MQ=255) |                                            GATTCTGCGCCTTTTTTATAGGTTTAAGACAATGAAAAAGCTGC  >  W3110S.gb/111013‑111056

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑