Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	248610	248844	235	41 [0]	[0] 16	fhiA	ECK0230:JW5811:b0229; flagellar system protein, promoterless fragment

AGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACG  >  W3110S.gb/248845‑248905 |                                                             aGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgacg  >  1:1201851/1‑61 (MQ=255) aGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgacg  >  1:1261825/1‑61 (MQ=255) aGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgacg  >  1:1299160/1‑61 (MQ=255) aGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgacg  >  1:1322290/1‑61 (MQ=255) aGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgacg  >  1:1391415/1‑61 (MQ=255) aGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgacg  >  1:1480873/1‑61 (MQ=255) aGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgacg  >  1:1563744/1‑61 (MQ=255) aGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgacg  >  1:1591058/1‑61 (MQ=255) aGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgacg  >  1:503626/1‑61 (MQ=255) aGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgacg  >  1:552511/1‑61 (MQ=255) aGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgacg  >  1:558801/1‑61 (MQ=255) aGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgacg  >  1:617453/1‑61 (MQ=255) aGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgacg  >  1:618849/1‑61 (MQ=255) aGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgacg  >  1:765876/1‑61 (MQ=255) aGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgacg  >  1:929832/1‑61 (MQ=255) aGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgacg  >  1:931718/1‑61 (MQ=255) |                                                             AGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACG  >  W3110S.gb/248845‑248905

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑