Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	338528	338866	339	111 [0]	[0] 45	yahG	conserved hypothetical protein

AAGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGC  >  W3110S.gb/338867‑338918 |                                                    aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:698673/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:537100/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:542624/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:550553/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:552636/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:554423/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:579365/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:623370/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:635134/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:654012/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:662227/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:663179/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:48121/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:775000/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:817903/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:821790/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:826915/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:840218/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:85936/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:906725/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:913168/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:949544/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:993260/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:240210/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:1078603/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:1111976/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:1124/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:1126155/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:1221785/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:1340725/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:1376234/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:1622342/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:179116/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:197645/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:1062060/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:244948/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:252477/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:294520/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:295420/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:351188/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:356758/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:376461/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:439816/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:464529/52‑1 (MQ=255) aaGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGc  <  1:479829/52‑1 (MQ=255) |                                                    AAGATGCGGGCGTCGGCATGATTGGCGCGGGCATTGTGCATCCACCTTTTGC  >  W3110S.gb/338867‑338918

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑