Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	417310	417489	180	18 [0]	[0] 57	phoR	sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with PhoB

GGCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAC  >  W3110S.gb/417490‑417551 |                                                              ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACg                       >  1:1060045/1‑41 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACAt             >  1:372435/1‑51 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTa   >  1:1288216/1‑61 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTa   >  1:676779/1‑61 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTa   >  1:782151/1‑61 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTa   >  1:340317/1‑61 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTa   >  1:47627/1‑61 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:566575/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:560081/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:53117/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:759811/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:58084/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:589569/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:609691/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:613730/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:616662/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:65980/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:491070/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:756205/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:418904/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:803273/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:809687/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:8865/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:91900/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:927973/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:947316/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:976555/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:985046/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:988216/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:998004/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:999216/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:1478070/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:1038199/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:1077743/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:1102643/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:1119506/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:1150487/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:1157399/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:1162267/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:1289638/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:1293755/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:1306742/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:1442121/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:1458759/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:488786/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:1488950/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:1624306/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:1624758/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:186787/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:195973/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:275589/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:297272/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:301627/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:395851/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:415768/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:103402/1‑62 (MQ=255) ggCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAc  >  1:476660/1‑62 (MQ=255) |                                                              GGCGCAACAAATTCTTGGTTTGCGCTGGCCGGAAGATAACGGGCAGAACATCCTTAACCTAC  >  W3110S.gb/417490‑417551

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑