Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1134584	1134718	135	34 [0]	[0] 75	flgE	flagellar hook protein

AGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTC  >  W3110S.gb/1134719‑1134780 |                                                              aGGGTAATGCTCATGACTTGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1081213/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTTTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1119094/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGTATAATAACTGGCAGGTc  <  1:96053/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:603750/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:377828/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:595663/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:590929/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:580304/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:552101/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:547577/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:520158/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:488010/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:484704/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:464801/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:448713/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:407649/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:397231/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:392891/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:391923/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:386090/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:997186/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:830294/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1000305/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:962534/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:897927/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:89522/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:894733/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:890391/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:887597/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:882912/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:624409/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:768299/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:743366/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:737707/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:726680/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:693919/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:675801/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:671731/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:632799/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1240215/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1393075/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1391459/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1386375/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1352096/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1327619/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:130233/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1262627/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1241010/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:141560/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1236733/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1170649/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1165611/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1162495/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1150725/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1139187/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1127209/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1097274/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1507460/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:341765/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:311454/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:285221/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:243552/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:212666/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:198693/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1567411/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:351338/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1493672/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1488901/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1477553/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1468558/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1464006/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1426365/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1422/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTc  <  1:1420530/62‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAAATACTGGCAGGTc  <  1:285564/62‑1 (MQ=255) |                                                              AGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTC  >  W3110S.gb/1134719‑1134780

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑