Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1231260	1231313	54	41 [0]	[0] 84	hlyE	hemolysin E

TCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCGCA  >  W3110S.gb/1231314‑1231375 |                                                              tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:391285/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:507318/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:500464/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:486975/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:46554/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:46182/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:453096/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:445621/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:438424/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:421833/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:392707/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:603654/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:388406/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:375569/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:366001/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:331497/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:308581/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:304790/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:294092/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:273631/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1024854/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:770710/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:990727/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:964025/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:943821/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:934665/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:918600/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:892269/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:880448/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:831553/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:78909/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:78541/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:256465/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:747635/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:734047/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:725076/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:721129/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:67852/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:645234/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:643056/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:636795/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:631048/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1180161/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1351302/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1344898/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1308648/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1306440/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1287793/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1286367/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1241918/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1212369/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1199537/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1192018/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1398995/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1165573/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1151371/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1138858/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1067575/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1043848/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1038321/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1033055/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1030536/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1026805/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1563880/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:241617/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:209035/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:195773/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1621427/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1621055/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1612797/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:160878/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1582375/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1573532/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:250250/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1516810/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1481088/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1479832/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1476051/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1463182/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1457154/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1456062/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgca  <  1:1403567/62‑1 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCgaa  <  1:1569034/62‑3 (MQ=255) tCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCATCAACTACGCCCgca  <  1:495918/62‑1 (MQ=255) |                                                              TCTGCACAGATTTTAACTTGTTCTTCAATTCTGGAATCAGTTTTCCTTCAACTACGCCCGCA  >  W3110S.gb/1231314‑1231375

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑