Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1248323	1248365	43	47 [1]	[0] 49	treA	periplasmic trehalase

GTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACT  >  W3110S.gb/1248366‑1248426 |                                                             gTTGTGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:674281/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCCCCATATCCGCGACt  <  1:1011703/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:623840/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:200073/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:286978/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:348445/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:383742/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:40717/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:432089/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:476910/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:527984/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:554328/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:606182/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:607355/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1614649/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:647297/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:662232/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:713197/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:756152/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:861876/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:892236/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:949179/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:986788/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:988585/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:993150/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1274733/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1025630/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:103852/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1109973/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1130789/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1144402/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1159959/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1167505/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1177006/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1178929/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:119494/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1244057/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:15405/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1334590/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1360062/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1375619/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1436112/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1471172/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1495378/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1502052/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1504814/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1511573/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:1538954/61‑1 (MQ=255) gTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATATCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACt  <  1:586553/61‑1 (MQ=255) |                                                             GTTGGGAATATGACCGTAAGTGTCTATTTCATGAGCAAAATTGGCCACCATATCCGCGACT  >  W3110S.gb/1248366‑1248426

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑