Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1488362	1488877	516	8 [0]	[0] 84	[hrpA]	[hrpA]

CTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATA  >  W3110S.gb/1488878‑1488938 |                                                             ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTTACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1409488/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACg                        >  1:51084/1‑39 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCtt              >  1:995850/1‑49 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGaa       >  1:1094679/1‑56 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGa        >  1:1178530/1‑55 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGAt   >  1:1004708/1‑60 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGAt   >  1:933241/1‑60 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGAt   >  1:926812/1‑60 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGAt   >  1:863425/1‑60 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:606202/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:761639/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:754710/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:744254/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:723363/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:714094/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:706858/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:666653/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:625925/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:623976/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:788379/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:566271/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:546073/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:542391/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1136353/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:493767/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:459671/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:45624/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:448443/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:929114/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1001879/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:993381/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:990369/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:977549/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:969251/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:963611/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:962817/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1032058/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:444905/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1052628/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:897332/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:88833/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:885284/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1135604/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:811564/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:797976/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:796887/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1344196/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1189136/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1474162/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1471839/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:145589/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1450076/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1142249/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1374123/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1362067/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1357467/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1484635/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1332546/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1326342/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1288806/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1273875/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1271851/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1223214/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1217193/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1205983/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1540909/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:391434/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:383434/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:348459/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:317048/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:305568/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:281638/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:270244/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:259747/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:259044/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:223566/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:219646/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1625871/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1583153/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1578943/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1568646/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATa  >  1:1504837/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAAAGATa  >  1:852845/1‑61 (MQ=255) ctcctTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGCGAACGATa  >  1:40933/1‑61 (MQ=255) |                                                             CTCCTTTCAGAGTGCTCCGCTTCTCACTATTATCTCACGCAGTATTCTTAAGGGAACGATA  >  W3110S.gb/1488878‑1488938

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑