Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1498219	1498227	9	11 [0]	[0] 40	ydcJ	conserved hypothetical protein

TCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGT  >  W3110S.gb/1498228‑1498289 |                                                              tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGtt                         >  1:656557/1‑39 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGt                          >  1:543381/1‑38 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTggg                      >  1:73849/1‑42 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGt                  >  1:687967/1‑46 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAg   >  1:212487/1‑61 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAg   >  1:1278422/1‑61 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAg   >  1:1221189/1‑61 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:607539/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:148312/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:1498859/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:240469/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:400595/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:479775/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:560628/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:1005753/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:658881/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:698487/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:815090/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:83643/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:845907/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:929025/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:1165202/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:1004390/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:1026420/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:1076649/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:1111734/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:1134449/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:1143352/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:1147039/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:1153398/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:115937/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:1165730/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:1194136/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:1259667/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:1327328/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:1362417/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:1366432/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:137222/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGGTTTGGATGAGt  >  1:1597270/1‑62 (MQ=255) tCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGGCCGGTTTTGGATGAGt  >  1:1471697/1‑62 (MQ=255) |                                                              TCACGGTAATGCCAGTCGCGAAGCATTTGAGCAGGCGTTGGGTTGTCCGGTTTTGGATGAGT  >  W3110S.gb/1498228‑1498289

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑