Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1800397	1800944	548	38 [0]	[0] 99	[pheS]–[pheM]	[pheS],[pheM]

TGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCATTGCT  >  W3110S.gb/1800945‑1800988 |                                            tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCATCATTCAttgct  <  1:1644639/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:409000/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:601285/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:591767/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:587084/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:564938/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:551384/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:549073/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:541859/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:515087/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:514401/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:506713/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:464435/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:409015/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:609526/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:397033/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:386727/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:384733/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:369941/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:346857/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:342636/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:338550/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:334857/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:332917/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:327585/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:819109/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:979661/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:954631/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:939178/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:933653/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:917340/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:912107/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:88291/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:871930/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:858813/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:849558/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:823225/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:823014/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:231761/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:81703/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:801097/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:799847/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:770219/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:746447/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:73435/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:670724/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:655495/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:634814/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:624172/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:62206/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1080363/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1317388/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1298847/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1287925/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1284883/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1271772/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:127168/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1236900/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1200958/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1156702/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:115575/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1119040/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:111120/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1320294/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1076443/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1073656/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1064180/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1048003/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1043825/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1034617/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1032563/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1019712/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:101335/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1012780/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:100888/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1512327/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1008407/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:216891/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:201047/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1645774/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1645706/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1635826/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1632588/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1605661/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1592017/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1580062/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:152140/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:308007/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1455911/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1455738/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1414044/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1403980/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1400854/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1397338/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:139061/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1384770/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1347893/44‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCAttgct  <  1:1341766/44‑1 (MQ=255) tGCTAAACTAAAAATAGAAGCGGAATATAGCAGCATTCAttgct  <  1:143837/44‑1 (MQ=255) |                                            TGCTAAAGTAAAAAAAGAAGCGGAAAATAGCAGCATTCATTGCT  >  W3110S.gb/1800945‑1800988

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑