Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1831116	1831950	835	38 [0]	[0] 86	[astD]–[astA]	[astD],[astA]

GCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCCGCG  >  W3110S.gb/1831951‑1831990 |                                        gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:515465/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:634236/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:633784/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:633049/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:618661/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:618244/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:61515/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:599128/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:596349/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:591581/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:572717/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:648313/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:503722/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:499648/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:466799/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:448425/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:428029/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:426041/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:425482/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:422996/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:408977/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:400587/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:826346/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:986911/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:977847/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:960957/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:924883/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:908580/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:88472/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:876647/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:871188/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:870941/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:830611/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:392245/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:763997/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:731966/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:718790/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:709598/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:699351/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:680402/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:669990/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:667651/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:651284/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1288934/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1008708/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:154857/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1546472/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1492826/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1472442/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1471414/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1470541/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1456696/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1413876/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1317540/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1584539/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1282990/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1276756/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1152167/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1130729/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1102269/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1097416/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1066435/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1063477/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1031946/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1626623/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:344783/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:335847/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:308081/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:302470/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:29703/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:294924/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:290266/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:25604/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:215960/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:204736/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:182881/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:172817/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:170271/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:164962/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1644132/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1631585/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1628872/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgcg  >  1:1623123/1‑40 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcgc   >  1:107076/1‑39 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCcg    >  1:379996/1‑38 (MQ=255) gCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATAACCCcgcg  >  1:1176285/1‑40 (MQ=255) |                                        GCCAGAACGGTGAATAGCCGTGTTCGTCAATCACCCCGCG  >  W3110S.gb/1831951‑1831990

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑