Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1964935	1965748	814	73 [0]	[0] 33	flhA	predicted flagellar export pore protein

TTGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATCC  >  W3110S.gb/1965749‑1965810 |                                                              ttGGGTTCGGCAGGCTCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACAAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:1028043/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:62689/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:372598/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:431521/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:489035/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:502323/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:532342/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:533253/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:6191/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:259984/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:703770/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:72766/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:745126/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:757501/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:766043/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:913942/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:944947/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:340514/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:218745/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:1577385/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:1550759/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:1516629/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:1515076/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:1477533/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:1469114/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:1430/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:1273597/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:1184281/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:1148842/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:1128697/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:1070959/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCAACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:1434343/62‑1 (MQ=255) ttGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGGCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATcc  <  1:1127291/62‑1 (MQ=255) |                                                              TTGGGTTCGGCAGGCGCTTTTTGTTCGCGTCCGCGTATCCACCAGGCCAGCCCGAGCAATCC  >  W3110S.gb/1965749‑1965810

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑