Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2003304	2003373	70	11 [0]	[0] 30	fliA	RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor

CTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTG  >  W3110S.gb/2003374‑2003434 |                                                             cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAgttg                       >  1:61366/1‑40 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:202971/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:989617/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:940387/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:695734/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:579914/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:520458/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:513302/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:457660/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:431040/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:402737/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:376480/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:288337/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:256625/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:1015560/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:1614288/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:1593761/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:1572111/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:1490649/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:1439508/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:1374694/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:1372218/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:1346051/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:132688/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:1321301/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:1218711/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:1141445/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCtg  >  1:1095452/1‑61 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCt   >  1:1546103/1‑60 (MQ=255) cTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCt   >  1:964921/1‑60 (MQ=255) |                                                             CTTCCATCACCCGCTGGCGCAGATTACTGTCCAGTAGTTGTTGTAGCGGGTTTTCTCGCTG  >  W3110S.gb/2003374‑2003434

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑