Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2318281	2319202	922	8 [0]	[0] 55	rcsD	phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC

ATCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAG  >  W3110S.gb/2319203‑2319244 |                                          aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:730406/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:411915/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:43284/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:448759/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:469099/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:474107/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:491329/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:524419/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:586130/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:592078/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:670555/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:685517/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:693526/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:700532/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:403308/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:731752/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:763906/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:779356/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:781824/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:837605/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:83937/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:93108/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:932183/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:962364/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:978181/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:979139/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:988308/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:992798/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:1409263/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:1021631/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:1115037/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:1130779/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:1149605/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:1153236/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:1161926/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:1248423/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:1253128/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:1253283/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:1285669/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:1317220/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:1325993/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:1396027/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:100856/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:1434860/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:1436807/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:1493144/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:1605785/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:183239/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:217994/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:273786/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:275711/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:292021/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:29470/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:320200/42‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAg  <  1:351738/42‑1 (MQ=255) |                                          ATCGCCTCTGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAG  >  W3110S.gb/2319203‑2319244

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑