Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3040858	3041909	1052	60 [0]	[0] 51	[ygfZ]–yqfA	[ygfZ],yqfA

ATCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAT  >  W3110S.gb/3041910‑3041967 |                                                          aTCTCCTTAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:1002194/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACCGGCGTGAGTTCAAt  <  1:1572461/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:633305/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:408535/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:40959/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:431530/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:443558/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:444312/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:462053/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:546047/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:58076/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:58971/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:591968/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:607573/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:344335/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:718250/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:730849/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:755006/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:762074/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:783439/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:793684/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:794273/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:796339/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:821876/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:850913/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:917572/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:96292/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:1535539/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:1091971/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:1110677/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:1144955/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:1251642/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:1256359/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:1269620/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:1279618/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:1314830/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:136521/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:1480341/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:1507308/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:351864/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:1569909/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:1583551/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:1596022/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:183170/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:198009/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:214038/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:290242/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:313555/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:314953/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:330691/58‑1 (MQ=255) aTCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAt  <  1:335669/58‑1 (MQ=255) |                                                          ATCTCCTAAAAATCATGAAATTAAATGCGAAATTTCAACTAACAGGCGTGAGTTCAAT  >  W3110S.gb/3041910‑3041967

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑