| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,060,272 | C→T | L199L (CTG→TTG) | torA → | trimethylamine N‑oxide (TMAO) reductase I, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,060,272 | 0 | C | T | 86.4% | 368.0 / 35.5 | 177 | L199L (CTG→TTG) | torA | trimethylamine N‑oxide (TMAO) reductase I, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/0); new base T (152/0); total (177/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
TACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGAT > W3110S.gb/1060232‑1060294 | tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCcg > 1:1179894/1‑46 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTc > 1:1177955/1‑60 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCg > 1:1338335/1‑61 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCg > 1:582884/1‑61 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1001248/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:181995/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:340391/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1441508/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1379103/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1309636/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:641557/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1233898/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1057193/1‑62 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGTTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:552977/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGcc > 1:419700/1‑43 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGcc > 1:351342/1‑43 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCcgcgc > 1:916454/1‑47 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGGTca > 1:1597243/1‑58 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTcaa > 1:1348252/1‑58 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTcaa > 1:1116804/1‑58 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:332298/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:379031/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:962865/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:369407/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:980569/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:173339/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:307493/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:299793/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:29359/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:255096/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:222665/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:982696/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:730083/1‑61 (MQ=255) 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cGGGAGGAGATTACTAAACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:1264091/1‑61 (MQ=255) | TACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGAT > W3110S.gb/1060232‑1060294 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |