| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,060,286 | C→T | V203V (GTC→GTT) | torA → | trimethylamine N‑oxide (TMAO) reductase I, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,060,286 | 0 | C | T | 86.6% | 362.2 / 33.5 | 172 | V203V (GTC→GTT) | torA | trimethylamine N‑oxide (TMAO) reductase I, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/0); new base T (149/0); total (172/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGAT > W3110S.gb/1060232‑1060294 | tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCg > 1:1338335/1‑61 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1001248/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:181542/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1507496/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:181995/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1379103/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:376324/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1310592/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1309636/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:567444/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1233898/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:641557/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1057193/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1044111/1‑62 (MQ=255) cGGGCGGAGCTTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:901111/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGTTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:552977/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTcaa > 1:1116804/1‑58 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:29359/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:355898/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:332298/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:307493/1‑61 (MQ=255) 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cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTCGTTGGCTCAAt > 1:485623/1‑61 (MQ=255) cGGGAGGAGATTACTAAACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:1264091/1‑61 (MQ=255) | TACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGAT > W3110S.gb/1060232‑1060294 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |