| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,060,292 | G→A | S205S (TCG→TCA) | torA → | trimethylamine N‑oxide (TMAO) reductase I, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,060,292 | 0 | G | A | 88.1% | 341.7 / 25.2 | 160 | S205S (TCG→TCA) | torA | trimethylamine N‑oxide (TMAO) reductase I, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/0); new base A (141/0); total (160/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
TACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGAT > W3110S.gb/1060232‑1060294 | tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1379103/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1001248/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:181995/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:218317/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:228284/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1306214/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1310592/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:641557/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:970679/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:567444/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1057193/1‑62 (MQ=255)tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa > 1:1044111/1‑62 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGTTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:552977/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:677312/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:277778/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:649023/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:69420/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:1603077/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:172385/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:173339/1‑61 (MQ=255) cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt > 1:711310/1‑61 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |