| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,079,397 | A→C | intergenic (‑93/‑330) | putA ← / → putP | fused DNA‑binding transcriptional regulator, proline dehydrogenase, and pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase/proline:sodium symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,079,397 | 0 | A | C | 87.2% | 1057.4 / 96.7 | 406 | intergenic (‑93/‑330) | putA/putP | fused DNA‑binding transcriptional regulator, proline dehydrogenase, and pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase/proline:sodium symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/0); new base C (354/0); total (406/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 406 total aligned reads displayed.
GTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTA > W3110S.gb/1079348‑1079430 | gTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAg > 1:1156939/1‑61 (MQ=255)gTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAg > 1:753616/1‑61 (MQ=255)gTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAg > 1:1388129/1‑61 (MQ=255)gTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAg > 1:230953/1‑61 (MQ=255)gTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAg > 1:1201430/1‑61 (MQ=255)gTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAg > 1:871081/1‑61 (MQ=255)gTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAg > 1:712678/1‑61 (MQ=255)gTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAg > 1:695946/1‑61 (MQ=255)gTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAg > 1:1054642/1‑61 (MQ=255)gTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAg > 1:974096/1‑61 (MQ=255)gTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAg > 1:1027742/1‑61 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGtt > 1:283040/1‑41 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGtt > 1:1519038/1‑41 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:607014/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:469218/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:599296/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:632921/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:650370/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:587649/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:58054/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:561214/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:51942/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:502694/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:48415/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:478527/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:699315/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:459409/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:442303/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:427327/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:406445/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:394307/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:379396/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:364921/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:821720/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:985086/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:957106/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:948265/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:917723/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:912739/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:901268/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:893792/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:878883/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:853776/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:844833/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:658838/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:79984/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:777478/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:763911/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:741585/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:739342/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:725534/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:301356/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:678622/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:664785/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1243659/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:342525/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1428101/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1413044/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1397471/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1364111/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1353389/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1346422/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1328911/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1322743/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1303456/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1279751/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1462458/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1225489/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1184931/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1179390/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1172004/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1128513/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1120378/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1093497/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1082670/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1064834/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1044662/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1651206/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:329586/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:315877/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:307130/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1001738/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:269325/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:252488/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:243730/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:222924/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:204373/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:174506/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1640163/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1630142/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1623999/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1615539/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1609640/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1592705/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1570511/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1549304/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1510982/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTta > 1:1503932/1‑42 (MQ=255) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGAta > 1:1010726/1‑42 (MQ=38) aaTGTGACCTGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAAAGTta > 1:1445912/1‑42 (MQ=38) | GTGAAATATCCATGATGTTGCAACTTTGTGCAACCATGTTAAATGTGACATGCGTAGCAAGCTTAAAAATGAATGAAATGTTA > W3110S.gb/1079348‑1079430 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |