Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,190,646 G→A R236R (CGC→CGT)  phoQ ← sensory histidine kinase in two‑compoent regulatory system with PhoP

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,190,6460GA100.0% 475.7 / NA 167R236R (CGC→CGT) phoQsensory histidine kinase in two‑compoent regulatory system with PhoP
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (167/0);  total (167/0)

Only 100 of 167 total aligned reads displayed.

GCGTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCGCGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGCC  >  W3110S.gb/1190621‑1190682
                         |                                    
gcgTTGTGGCTTGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:829552/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGTACTTCTTTTGcc  >  1:312068/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGAc            >  1:590887/1‑52 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:420561/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:54034/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:537313/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:535329/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:503793/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:500114/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:496745/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:458934/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:440173/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:434285/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:430977/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:427349/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:58037/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:407514/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:390246/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:370499/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:352896/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:343030/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:328118/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:290392/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:275924/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:27449/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1003584/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:767640/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:961073/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:957236/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:932742/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:929503/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:913165/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:893861/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:854680/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:836791/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:814954/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:798993/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:768548/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:56596/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:735115/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:724537/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:723341/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:716152/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:701423/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:674415/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:672201/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:662630/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:653015/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:245747/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1204581/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:245441/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1407442/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:136250/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1349559/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1324992/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:130440/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1298493/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1273976/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1268237/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1261984/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1246057/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1208758/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1416790/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1186794/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1170636/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1166293/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1127617/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1119833/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1118502/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1092447/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1055142/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1043841/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1023915/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1020940/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1567637/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:232756/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:226954/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:191199/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:189386/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:168731/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1648641/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1636784/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:160855/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1594110/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:157461/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1439079/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1554804/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1527303/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1521300/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1509658/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1496342/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1490121/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:14849/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1481174/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:1472010/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:145123/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGc   >  1:1364461/1‑61 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTATTTTGcc  >  1:322116/1‑62 (MQ=255)
gcgTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTAGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:170684/1‑62 (MQ=255)
gccttGTGGCTGGATTGAGCAATTCACGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGcc  >  1:615922/4‑62 (MQ=255)
                         |                                    
GCGTTGTGGCTGGATTGAGCAATTCGCGGTTATGTTCTTCCAGTTCGCGGACTTCTTTTGCC  >  W3110S.gb/1190621‑1190682

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑